El intestino desempeña funciones complejas.

Sintetizando al máximo, las tres funciones principales son: la descomposición (digiere los alimentos), la absorción (absorbe los nutrientes y el agua) y la monitorización (controla todo lo que está en su luz).

Para la descomposición, se «mueve» (contracciones peristálticas que hacen avanzar el contenido intestinal), emplea enzimas digestivas y mucha agua (unos 7 litros diarios); para la absorción, utiliza su mucosa (superficie absorbente).

Para el control de lo que tiene en su interior, se vale de la ayuda de un sistema inmunitario capaz de vigilar lo que ocurre en la luz intestinal y en las paredes de la microbiota.