Los microorganismos patógenos son aquellos capaces de provocar enfermedades en personas sanas y no inmunes (es decir, aquellas ya protegidas).

Una bacteria se considera patógena cuando tiene la capacidad de penetrar los tejidos del organismo humano y multiplicarse, provocando daños también con la producción de sustancias tóxicas (toxinas bacterianas).

La adhesión a las mucosas es uno de los mecanismos fundamentales con los que un patógeno puede invadir los tejidos del cuerpo humano.

Los patógenos oportunistas son microorganismos que viven en el organismo y que no provocan enfermedades en los hospedantes sanos en condiciones de eubiosis y con mecanismos de defensa inmunitaria eficientes.

Si se crea una situación de disbiosis  y bajan las defensas inmunitarias, el microorganismo oportunista puede desarrollarse excesivamente y provocar enfermedades.