El cloro es un electrolito y el principal anión del compartimento extracelular. Como ion cloruro (Cl-), desempeña un papel crucial en el mantenimiento del equilibrio hídrico y electrolítico, así como en el mantenimiento del equilibrio ácido-base de la sangre. El cloro es un componente clave del jugo gástrico, ya que contiene el ácido clorhídrico necesario para la digestión de los alimentos y para la protección del tracto gastrointestinal frente a las bacterias del exterior. Interviene en la digestión de las proteínas y la absorción de los micronutrientes. Debido a su carga eléctrica negativa, el cloro se desplaza junto con el sodio (carga positiva) y colabora en la regulación de la osmolalidad plasmática.

La mayor parte del cloro del organismo se ingiere a través de los alimentos. El equilibrio del cloro en el organismo está estrechamente regulado por los riñones, que eliminan el exceso a través de la orina.