Cuando una persona tiene buena salud, las bacterias no pueden adherirse a la mucosa de la vejiga o subir hacia las vías urinarias altas, debido a la presencia de algunos mecanismos de defensa naturales, que incluyen:

• el flujo de orina que expulsa la mayoría de las bacterias de la vejiga;
• el pH bajo de la orina;
• la capa de mucina en la superficie de la mucosa de la vejiga, las sustancias antibacterianas naturales, como la proteína de Tamm-Horsfall (uromucoide o uromodulina) y las secreciones prostáticas en el hombre;
• las defensas del sistema inmunitario;
• el equilibrio de la flora bacteriana vaginal;

Cuando estos mecanismos de protección no funcionan correctamente las bacterias logran adherirse, desarrollarse, y desencadenar la infección.