El esófago se defiende de la acidez que sube del estómago a través del flujo de saliva que tiene un efecto de lavado y reduce la acidez gracias a su contenido en bicarbonato.

El flujo de saliva aumenta para coincidir con el reflujo.

También existe una barrera física de defensa formada por la pared superior de las células y las uniones «estrechas» entre una célula y otra.

Además, después del reflujo, el esófago se contrae rápidamente y empuja el material ácido hacia el estómago.