El ataque de la mucosa por parte de virus y bacterias pone en marcha la producción de sustancias inflamatorias (como la bradiquinina o las citocinas) y atrae células del sistema inmunitario.

Tras la inflamación, la mucosa adopta un color rojo intenso, en su superficie se forman pequeñas lesiones, a menudo verdaderas vesículas que tienden a abrirse sucesivamente generando úlceras.

En las amígdalas se puede formar un exudado (placas blancas o grisáceas).

El proceso inflamatorio es el responsable de los síntomas típicos de la faringitis: dolor de garganta, ardor, sensación de sequedad, dolor al deglutir o dificultad para hablar.