Un gran número de mujeres padece de cistitis recurrente, es decir, tienen cistitis 3 o 4 veces en 12 meses.

En estos casos, la nueva infección puede ser una recurrencia, cuando se trata de la misma bacteria de la vez anterior, o una reinfección cuando la bacteria responsable es diferente.

Algunas reglas de comportamiento pueden prevenir la recurrencia de infecciones, por ejemplo, evitar el uso del diafragma y los geles espermicidas que reducen los lactobacilos de la flora bacteriana vaginal.