El tabaquismo es un factor que propicia la aparición de las aftas, debido a los agentes irritantes presentes en el tabaco y a las altas temperaturas que se alcanzan dentro de la boca mientras se fuma.

El calor y las sustancias irritantes contenidas en el humo provocan una reducción de la producción de saliva; esto expone a la persona que fuma a infecciones de la mucosa debidas a bacterias y/u hongos que pueden causar las lesiones.